特長:遺伝子マーカーの選択

乳がん

乳がんのリンパ節転移検出に適切なマーカーを選択するため、以下の検討を行いました。

1次スクリーニング

National Center for Biotechnology Information が提供するヒト遺伝子発現データベースより、乳腺組織及び乳がん組織において発現が高く、他方リンパ節組織においては発現が低い上位45個の遺伝子を抽出しました。

2次スクリーニング

1次スクリーニングより選択した45遺伝子にて、実際の乳がん患者リンパ節での発現状態を定量RT-PCR法により測定しました。結果として、転移陽性リンパ節と転移陰性リンパ節での発現量の差が明確なCK19を含む7遺伝子を選択しました。

比較

2次スクリーニングで選択した7候補遺伝子について、定量RT-PCR法で得られた結果から、乳がん患者のリンパ節での発現レベル及びばらつきの程度を比較しました。

結果として、転移陽性と転移陰性のリンパ節における発現量分布が明らかに異なるのは、CK19、FOXA1及びSPDEFの3遺伝子でした。それらの内、 CK19mRNAの転移陽性リンパ節中における発現量が最も高く、FOXA1及びSPDEFのそれぞれと比較しても明らかに優位なものでした。この事から、発現量の高いCK19mRNAを最適な標的遺伝子マーカーとして選択しました。

大腸がん

大腸がんリンパ節転移検出に適切なマーカーを選択するため、以下の検討を行いました。

1次スクリーニング

ヒト・ゲノムライブラリー430万遺伝子からの検索 97遺伝子

2次スクリーニング

大腸がんリンパ節転移陽性・陰性溶液を用いた定量RT-PCR法による検索 10遺伝子

3次スクリーニング

大腸がんリンパ節を用いた定量RT-PCR法による検討 2遺伝子 [KRT19:CK19, CEACAM5:CEA]

4次スクリーニング

大腸がんリンパ節を用いたOSNA®法による検討 最適マーカー遺伝子 [CK19]

ヒト遺伝子発現データベースより大腸組織および大腸がん組織に特異的に発現している97遺伝子を選択した後、定量RT-PCR法による検討とOSNA®による検討を行い、転移陽性リンパ節における発現量が高く、かつ、転移陽性リンパ節と転移陰性リンパ節での発現量において大きな差を示したCK19mRNAを大腸がんリンパ節転移検査における最適なマーカー遺伝子として選択しました。

胃がん

胃がんリンパ節転移検出に適切なマーカーを選択するため、以下の検討を行いました。

1次スクリーニング

ヒト・ゲノムライブラリー430万遺伝子からの検索 58遺伝子

2次スクリーニング

胃がんリンパ節転移陽性・陰性溶液を用いた定量RT-PCR法による検索 6遺伝子

3次スクリーニング

胃がんリンパ節を用いた定量RT-PCR法による検討 2遺伝子 [KRT19:CK19, CEACAM5:CEA]

4次スクリーニング

胃がん原発巣を用いた免疫染色法による検討 最適マーカー遺伝子 [CK19]

ヒト遺伝子発現データベースより胃組織および胃がん組織に特異的に発現している58遺伝子を選択した後、定量RT-PCR法による検討を行い、転移陽性リンパ節における発現量が高く、かつ、転移陽性リンパ節と転移陰性リンパ節での発現量において大きな差を示したCK19とCEAを候補遺伝子として選択しました。さらに、2候補遺伝子について、原発巣中のタンパク質発現の検討により、より発現頻度の高いCK19mRNAを胃がんリンパ節転移検査における最適なマーカー遺伝子として選択しました。

関連資料

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