DNAマイクロアレイ

Genome-Wide Human SNP Array 6.0
SNP解析・コピー数変異/LOH解析用マイクロアレイ

SNP解析用プローブ約90万とコピー数解析用プローブ約90万の合計180万プローブを、主にゲノムコピー数解析に利用可能です。この高密度プローブにより、従来の染色体検査に比べ短時間で、高解像度、定量的、客観的な解析データの取得が可能となります。 染色体異常と疾患の関連性の臨床研究により、個別化医療の発展を前進させます。

主な特徴

  • 高密度のマーカー : マーカー間距離の中央値は約700base
  • コピー数解析用プローブのうち202,000個は、Toronto Database of Genomic Variantos (DGV)に登録されている領域から選択
  • SNPマーカーによるタイピングデータにより、Loss of Heterozygocity(LOH)や片親性ダイソミーが検出可能

仕様

Genome-Wide Human SNP Array 6.0
アレイ上のSNP数 906,600
アレイ上のコピー数変異解析用プローブ数 946,000
必要なDNA量 500ng
平均 Miner allele frequency (MAF) 19.6% HapMap Caucasians
20.6% HapMap Africans
平均 heterozygocity 26.7% HapMap Caucasians
24.6% HapMap Asians
28.5% HapMap Africans

DMETTM Plus
薬物代謝・トランスポーター遺伝子解析用マイクロアレイ

DMETTM Plusは、薬物代謝酵素やトランスポーターに関連する遺伝子や遺伝子マーカーを1枚のアレイで網羅的に測定可能です。得られた薬剤応答性の個人情報に基づき、ファーマコゲノミクスの臨床応用に向けた研究を促進します。

主な特徴

  • 225遺伝子上の1,936個の薬物代謝マーカーの解析が可能
  • FDAによって評価されているほとんどの遺伝子マーカを搭載
  • Pharma ADMEグループによって定義されているADME Core マーカーの90%以上をカバー
  • DMETTM Console Softwareに含まれているトランスレーションテーブルによってStar allele解析を自動化

関連文献

  • Hu Y., et al. Genotyping performance between saliva and blood- derived genomic DNAs on the DMET array: a comparison. PLoS One, 7(3): e33968 (2012).
  • Burmester J. K., et al. DMET microarray technology for pharmacogenomics-based personalized medicine. Methods in Molecular Biology 632:99-124 (2010).
  • Sissung T. M., et al. Clinical pharmacology and pharmacogenetics in a genomics era: the DMET platform. Pharmacogenomics 11(1):89-103 (2010).
  • Bridget Bradley B., et al. Developing an interdisciplinary pharmacogenomic treatment approach to reduce medication burden and improve subject outcomes. Journal of Pharmacy Practice [College of Psychiatric and Neurologic Pharmacists 2011 Poster Abstracts] 24: 268-269 (2011).
  • Stack C.B., et al. Genetic risk estimation in the Coriell Personalized Medicine Collaborative. Genetics in Medicine 13(2):131-139 (2011).
  • Man M., et al. Genetic variation in metabolizing enzyme and transporter genes: Comprehensive assessment in 3 major East Asian subpopulations with comparison to Caucasians and Africans. Journal of Clinical Pharmacology 50(8): 929-940 (2010).
  • UNC's McCleod discusses 'practical' approach to bringing pharmacogenetics to all countries. GenomeWeb Pharmacogenomics Reporter (2010).
  • Affymetrix, Inc. Coriell Institiute for Medical Research selects Affymetrix DMETTM Plus Product for national personalized medicine project. Press release (2009).

仕様

DMETTM Plus
平均コールレート 99%以上
平均一致率 99.5%以上
平均再現性 99.8%以上

GeneChip® Human Genome U133 Plus 2.0 Array
ヒト遺伝子発現解析用マイクロアレイ

U133Plus2.0アレイにより、47,000個以上のヒトゲノム転写産物の発現データを利用して、網羅的な遺伝子発現プロファイリングが可能です。
病理組織像や臨床データと対照して腫瘍のサブタイプ分類や薬剤感受性予測など、個別化医療の実現を促進する研究に最適です。

主な特徴

  • ヒトゲノム転写産物およびバリアント47,000個以上をカバー
  • 高レベルの精度と再現性を実現
    MAQC研究にて、施設内再現性がCV5%未満、施設間再現性がCV10%未満と良好であり、また、リアルタイムPCRとの発現シグナルの相関はr=0.92~0.93と高いことが示されています。

仕様

GeneChip® Human Genome U133 Plus 2.0 Array
セットに含まれるアレイ数 1
転写産物数 ~47,400
遺伝子数 38,500
プローブセット数 >54,000
プローブセルサイズ 11μm
オリゴヌクレオチド
プローブ長
25-mer
プローブペア/配列 11
含まれるコントロール配列 Poly-Aコントロール dap, lys, phe, thr
ハイブリダイゼーション用コントロール bioB, bioC, bioD, cre
ハウスキーピング/コントロール遺伝子 GAPDH, beta-Actin, ISGF-3(STAT1)
ノーマライゼーション用
コントロールセット
100プローブセット
検出感度 1:100,000
*ヒトcDNAクローンに由来する標識済の転写産物を、複雑なバックグラウンドのヒトサンプル中で検出して測定

関連資料

先頭に戻る